Ausbildung
Otto Bayer kam in Würzburg als Sohn des Kaufmanns August Bayer und dessen Ehefrau Babette, geb. Oeftering, zur Welt. Er wurde 1897 an einer Würzburger Volksschule eingeschult und wechselte 1901 auf das humanistische Neue Gymnasium, wo er 1910 die Reifeprüfung ablegte. Noch im gleichen Jahr schrieb er sich an der Universität Würzburg ein und nahm zum Wintersemster 1910 ein Studium der Rechtswissenschaften auf. Im März 1912 bestand er das juristische Zwischenexamen, im Juli 1914 die Universitätsschlussprüfung.

Ende Juli 1914 begann er beim Amtsgericht Kitzingen den Vorbereitungsdienst für den höheren Justiz- und Verwaltungsdienst, den er infolge des Kriegsausbruchs unterbrach. Im September 1914 wurde er zum Heer einberufen. Von Januar 1915 bis Dezember 1918 stand er ununterbrochen auf verschiedenen Kriegsschauplätzen an der Westfront und an der Ostfront im Feld. Im September 1917 wurde er zum Leutnant der Reserve befördert und nach Kriegsende im Dezember 1918 aus dem Heer entlassen.

Nach der Rückkehr setzte er seinen Vorbereitungsdienst beim Amtsgericht und Landgericht Würzburg und dem Bezirksamt Würzburg fort. Als einer der besten Referendare in Bayern bestand er im Juni 1920 mit gutem Erfolg die II. Staatsprüfung für den höheren Justiz- und Verwaltungsdienst. Im Frühjahr 1921 promovierte er an der Universität Würzburg mit dem Prädikat „summa cum laude“ zum Doktor der Rechte.

Am 22. September 1920 heiratete er Rosa Brand, Tochter des rechtskundigen Bürgermeisters und Hofrates Bernhard Brand.

Im bayerischen Staatsdienst
Zum 1. Oktober 1920 wurde er zum höheren Verwaltungsstaatsdienst zugelassen und als Regierungsakzessist bei der Kammer des Innern an die Kreisregierung von Unterfranken und Aschaffenburg einberufen. Ab dem 15. Februar 1921 war er Bezirksamtmann in Marktheidenfeld, am 15. Februar 1927 kam er in gleicher Funktion an das Bezirksamt in Würzburg. Zum 1. Dezember 1929 wurde er unter Beförderung zum Regierungsrat nach München in das Staatsministerium für Unterricht und Kultus berufen, wo ihn Kultusminister Franz Goldenberger 1932 zu seinem persönlichen Referenten machte. Am 1. Februar 1932 wurde er zum Regierungsrat I. Klasse ernannt.

Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten wurde seine vielversprechende Laufbahn empfindlich gestört. Aufgrund seiner ablehnenden Haltung und vor allem seines Eintretens für die Rechte der Kirche erwuchsen ihm zunehmend persönliche Schwierigkeiten, die schließlich am 25. Juli 1935 zu seinem Ausscheiden aus dem Kultusministerium aus politischen Gründen führten. Er wurde an das Oberversicherungsamt Würzburg zurückversetzt und kam zum 1. Juli 1939 an die Bayerische Staatsschuldenverwaltung, wo er bis zum Frühjahr 1945 tätig war. Im Oktober 1941 wurde er zum Oberregierungsrat ernannt.

In München ausgebombt kehrte er im März 1945 in seine Heimatstadt Würzburg zurück. Unmittelbar nach Kriegsende berief ihn der neu eingesetzte unterfränkische Regierungspräsident Adam Stegerwald an die Regierung in Würzburg und übertrug ihm den Neuaufbau des unterfränkischen Schulwesens.
Ab 1947 führte er praktisch auch die Geschäfte des Regierungsvizepräsidenten, zwei Jahre später, am 22. Juni 1949, wurde ihm das Amt offiziell übertragen. In dieser Eigenschaft erwarb er sich große Verdienste um den Aufbau der Verwaltung und die Ergänzung des Personalstandes, die half, die Regierung wieder arbeitsfähig zu machen. Am 1. März 1956 schied er wegen Erreichung der gesetzlichen Altersgrenze aus dem Staatsdienst aus.

Ehrenamtliche Tätigkeit für das Missionsärztliche Institut
Im Ruhestand stellte er sich dem Missionsärztlichen Institut in Würzburg als Justitiar zur Verfügung. Er begleitete in den Jahren 1956/57 den Bau des Christophorus-Hauses, in dem 80 Wohnplätze für Studenten entstanden, und 1959 die Errichtung des Erweiterungsbaus des Instituts an der Salvatorstraße. Auch beim Bau der Geburtshilflichen und Gynäkologischen Klinik sowie des Studentenwohnheims Ferdinandeum wirkte er mit.

	1917: Eisernes Kreuz II. Klasse
	1917: Bayerisches Militärverdienstkreuz II. Klasse mit Schwertern
	1939: Treuedienstehrenzeichen für 25-jährige Dienstzeit
	1940: Kriegsverdienstkreuz II. Klasse mit Schwertern
	Ritter des päpstlichen Gregoriusordens

Verhältnis des Zweikampfes zu Körperverletzung und Tötung, Würzburg, Univ., R.- u. staatswiss. Diss., 1921

	Bayerisches Hauptstaatsarchiv StK BayVO 219
	Lebenslauf in der Dissertation
	Am Wiederaufbau aktiv beteiligt, In: Volksblatt, 15. Februar 1961
	Vizepräsident i. R. Dr. Otto Bayer †, In: Main-Post, 17. Mai 1963